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住宅ローン控除と3000万円特別控除の誤適用は修正できる？ 確定申告での対応方法

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2025.04.01 税金のこと

住宅ローン控除と3000万円特別控除の誤適用は修正できる？ 確定申告での対応方法

令和3年に新築マンションをローンで購入し、住宅ローン控除を受けていました。
令和6年12月に当該マンションを売却し、新居を購入しました。売却においては、2000万円弱の売却益が発生したため、e-taxにて譲渡所得における3000万円控除の申請を行おうとしたところ、「住宅ローン控除の適用をうけている場合は適用できません。」との表示がでて、手続きが進められませんでした。
私が税制を理解しておらず、令和6年の年末調整時に誤って住宅ローン控除を申請してしまったことが原因かと思われます。
会社から源泉徴収票もすでに発行されているのですが、確定申告にて年末調整の訂正申告を行い、税金を納めることで、3000万控除を適用できるのでしょうか。

ご質問内容につきまして、今回は確定申告で「住宅ローン控除」の申請を取り止めて、「3,000万円の特別控除」を利用したいという理解とさせていただきます。

居住用財産の3,000万円特別控除と住宅ローン控除の併用はできないのです。
理由は、住宅ローン控除の適用要件に「居住前2年～居住後3年の間に3,000万円特別控除を受けていない」という要件があるからです。
＜住宅ローン控除の適用要件＞
・居住年およびその前の計3年間に譲渡所得の特例を使っていない
・居住年の翌年以後3年以内に譲渡所得の課税の特例を使っていない

令和6年度での売却と購入であれば、先ずは税務署にご相談いただくことをお勧めいたします。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shirabekata/9200.htm

また、電話相談センターと所轄の税務署担当官によって、解釈や取扱いが違う場合もあります。
今回のケースでいうと両方に確認した方が良さそうです。
異例なケースですので、直接ご確認いただければと思います。

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